与此同时，亚特兰海军针对忒伊亚联邦东南沿海发动全线进攻，卫城遭遇大规模轰炸，信号传输光缆被破坏，前线战事情况不明。

2月20日，北境总统廖夫曼正式宣布北境对亚特兰群岛宣战，全国进入战时紧急状态。

同一天下午，忒伊亚联邦发布外交公函，宣布与北境结成战时同盟，共同抵抗亚特兰军队的入侵，双方将于五天后在边境城市三江城正式签署盟约。

新纪259年3月10日，经过近半个月的鏖战，卫城最终被亚特兰海军攻占，卫星港的城防驻军为了争取时间让城内的普通人撤离，生生站到了弹尽粮绝的最后一刻，所有将领战士无一生还。亚特兰海军随后以卫城为中心建立海岸线指挥部，向周围的城邦辐射进攻。

3月21日，由于前期作战响应消极，联邦一方并未对亚特兰海军的作战策略有足够的熟悉和了解，整个东南沿海地区全线沦陷。

同月，已经长达一个月没有在公众面前公开露面的联邦总统法赞·陈发布全国公告，承认自己在战争初期的政治决策失误并引咎辞职。由于处于战时，内阁经过简易程序投票代替选举，决定联邦政府暂时由首席秘书碧翠丝·法加洛统领，行使代总统职责。

新纪259年4月3日，北境军队从东北方向入境联邦，双方盟军在绿光城设立大本营，计划收复联邦东南沿海失地。

4月5日，亚特兰对北境沿海发动大规模轰炸袭击，军队直逼北境东南最大城市赫尔索。

4月7日，盟军自绿光城出发，向南部推进战线，中途遭遇亚特兰空军轰炸，后方物资补给线被切断，盟军被迫改变行军路线，向西南方纵深切入，保留了军队有生力量，但是代价是接连损失了绿光城及以西将近200平方公里的领土。

至此，双方进入僵持阶段。亚特兰军队并没有进一步向联邦西部地区发起进攻。北境战况同样胶着，双方以赫尔索为中心进行了几次拉锯争夺战，最终北境军队以高昂的代价守住了赫尔索，暂时将亚特兰军队拦在了赫尔索以东100公里处。

5月，联邦议会发布最高保密级别的紧急行动令，要求联邦情报机构不惜一切代价获取关于亚特兰海军导弹武器的情报资料，同时要求协同北境特工人员，尽快找到亚特兰开采海底陨矿的地点。

整个5月到6月期间，战事陷入了一个短暂的胶着期。

7月初，赫尔索沦陷，盟军在北境东部平原重整战线，由于卡罗尔风暴眼南迁，整个东部地带进入一年中的风季，盟军利用季节优势第一次重创亚特兰军队，一举收复赫尔索。随后亚特兰一方调整作战策略，军队主力南下，全力进攻联邦，到8月中旬的时候，联邦已经接连失去了中部三座主要城市。

10月，就在亚特兰军队在联邦中部长驱直入、盟军艰难抵抗的时候，盟军情报机构终于送来了关于亚特兰使用武器的详细报告——事实证明他们之前的猜测是对的，这种导弹使用了海底陨矿合成新型弹头，杀伤力是普通弹头的10倍左右。亚特兰军队正是倚仗了这种武器，才能以高烈度迅速夺取沿途城市、建立军事据点。报告还附了一份详细的海域地图，上面标明了亚特兰岛国开采陨矿的地点，以及陨矿运送回浮岛进行加工的运输线。

联邦和北境最高领导人当即与盟军总司令进行会谈，决定成立特别行动小队，由北境特情局最高负责人安德烈·罗曼诺夫和联邦情报局负责人沈追共同负责，挑选精英队员，炸毁亚特兰群岛的陨矿开采点，彻底破坏他们的陨矿运输线，为后续全线反攻做准备。行动代号：曙光。

新纪259年11月19日，原卫城所辖海域上，临近联邦与外海的国境线约300海里的位置，发生了一次大规模的海床坍塌，坍塌随即引发了一场大规模的海啸，海啸波长直接影响到了联邦近海海域。原本停泊在近海一带的亚特兰海军舰艇躲避不及，大部分船只被海浪推上陆地搁浅，其中两艘大型舰艇直接撞上了卫星港码头损毁。与此同时，一支盟军队伍仿佛奇兵天降，包围了亚特兰军队的海岸线指挥部，生擒对方的一名副司令官，切断了亚特兰军队的补给运输线，将前方进入到联邦腹地的军队与后方指挥中心的联系切断。

之后这支小队利用指挥中心的物资，化装成亚特兰军队士兵，向西北接连收复了四座城市，重新夺回联邦东部海岸线控制权。

12月中旬，盟军在联邦中部伊索平原与亚特兰军队会战，全歼敌军，全线收复失地。

由此，这场战争的前线被推往北部，主战场转移到北境，战争进入第二阶段。

随着卡罗尔风暴眼重回北部回归线，北境入冬，气温骤降。亚特兰军队士兵不能适应这样严寒的气候，陡然加快了攻势，盟军却无意与亚特兰军队正面交锋，开始有节奏地把一线战场拉向北部腹地。

新纪223年1月8日，盟军利用暴风雪天气掩护，突袭亚特兰军队，大歼敌军，将亚特兰军队主力逼回冻港近郊100公里处。

1月18日，盟军派出飞行中队，对